Paket Keahlian Multimedia SMK Negeri 1 Nunukan, berdiri sejak tahun 2010. Paket Keahlian Multimedia SMK Negeri 1 Nunukan beralamat di Jl. Sei Fatimah dan menempati gedung A, B dan C. Paket Keahlian Multimedia SMK Negeri 1 Nunukan saat ini telah terakreditasi A.

Jurusan perikanan merupakan jurusan yang pertama kali dibentuk sejak berdirinya SMKN 1 Nunukan pada tahun 2003. Melihat potensi sumberdaya perikanan dan kelautan kabupaten Nunukan mendorong terbentuknya jurusan ini. 

Akuntansi merupakan salah satu kompetensi keahlian yang dimiliki SMK Negeri I Nunukan. Kompetensi keahlian ini termasuk dalam jurusan bisnis manajemen yang telah ada sejak berdirinya SMK Negeri I Nunukan tahun 2003. 

Agribisnis Tanaman Pangan dan Hortikultura (ATPH) adalah salah satu paket keahlian dari bidang Agribisnis Produksi Tanaman di SMK Negeri 1 Nunukan. Jurusan ATPH yang notabennya merupakan paket keahlian tertua sejak berdirinya SMKN 1 Nunukan pada tahun 2003.