Jurusan perikanan merupakan jurusan yang pertama kali dibentuk sejak berdirinya SMKN 1 Nunukan pada tahun 2003. Melihat potensi sumberdaya perikanan dan kelautan kabupaten Nunukan mendorong terbentuknya jurusan ini. Selain itu, pertumbuhan Industri perikanan semakin meningkat sehingga kebutuhan tenaga kerja terampil di bidang perikanan semakin dibutuhkan.

Perkembangan di sektor kelautan dan perikanan semakin menjadi prioritas pemerintah. Nawacita Presiden Joko Widodo menjadikan Indonesia sebagai poros maritim dunia. Sehingga di tahun 2016 Presiden mengeluarkan INPRES nomor 9 tentang revitalisasi SMK dengan 4 (Empat) prioritas bidang keahlian. Yaitu Kemaritiman (Perikanan dan Kelautan), Ketahanan Pangan, Ekonomi Kreatif dan Parawisata. Melihat kondisi tersebut, Tahun 2019 Jurusan perikanan membentuk 2 kompetensi keahlian yaitu Kompetensi Keahlian Agribisnis Perikanan Air Tawar dan Kompetensi keahlian agribisnis Perikanan Air Payau dan Laut.

Lulusan perikanan banyak tersebar pada Instansi Pemerintah Sebagai ASN, Industri, BUMN, maupun bekerja sebagai wirausaha.