Agribisnis Tanaman Pangan dan Hortikultura (ATPH) adalah salah satu paket keahliandari bidang Agribisnis Produksi Tanaman di SMK Negeri 1 Nunukan. Jurusan ATPH yang notabennya merupakan paket keahlian tertua sejak berdirinya SMKN 1 Nunukan pada tahun 2003. Secara umum, tujuan pendirian paket keahlian ini adalah untuk mencetak tenaga terampilmenengah dalam bidang Agribisnis Produksi Tanaman khusus Agribisnis Tanaman Pangandan Hortikultura. 

Paket keahlian ATPH telah melaksanakan pembelajaran dengan kurikulum 2013 (sejak tahun 2014) dan telah terakreditasi “A” yang bertujuan mempersiapkan manusia Indonesia agar memiliki kemampuan hidup sebagai pribadi dan warga negara yang beriman, produktif, kreatif, inovatif, dan afektif serta mampu berkontribusi pada kehidupan bermasyarakat, berbangsa, bernegara dan peradaban dunia. Proses pembelajaran diciptakan dalam kondisi yang merangsang terjadinya komunikasi dan interaksi yang baik. Selain itu didukung sarana dan prasarana seperti lahan atau tempat praktik, laboratotium yang memadai serta fasilitas penunjang yang cukup mampu melahirkan putra-putri yang kreatif, inovatif, dan produktif serta kompetitif. 

Bidang keahlian ATPH di SMKN 1 Nunukan merupakan bidang keahlian yang dipilih dalam program revitalisasi pemerintah. Berdasarkan instruksi presiden no 9 tahun 2016, bahwa kompetensi sumber daya manusia itu sangat berperan dalam kemajuan ekonomi atau kemajuan bangsa ke depan. Karena itu, lulusan SMK yang berkualitas harus ditunjang dengan peningkatan kualitas guru (tenaga pendidik). Terkait dengan peningkatan kualitas guru, guru (tenaga pendidik) yang mengajar khusus produktif pada paket keahlian ATPH SMKN 1 Nunukan telah mendapatkan sertifikasi pendidik 100%. 

Program revitalisasi SMKN 1 Nunukan pada paket keahlian ATPH telah mewujudkan “LINK and MATCH” antara SMK dengan dunia usaha dan kerjasama antara SMK dengan pemerintah. Penguatan program kerjasama bidang ATPH diaplikasikan pada pengembangan Teaching Factory. Teaching faktory yang telah dilaksanakan pada paket keahlian ini yaitu konsep pembelajaran dalam keadaan sesungguhnya untuk menjembatani kesenjangan kompetensi antara pengetahuan yang diberikan sekolah dan kebutuhan industri.