Kabupaten Nunukan berbatasan langsung dengan laut dan memiliki kawasan perairan payau yang sangat potensial. Program Keahlian APPL SMKN 1 Nunukan hadir untuk mencetak tenaga ahli dan wirausahawan muda di bidang budidaya perikanan payau dan laut, mulai dari tambak udang, kepiting, hingga budidaya rumput laut, secara modern dan berkelanjutan.