Kompetensi Keahlian Multimedia pertama kali berdiri sejak tahun 2010. Paket Keahlian Multimedia yang kemudian di tahun 2023 berubah menjadi paket Keahlian Desain Komunikasi Visual (DKV)  pada Kurikulum Merdeka Belajar.

Jurusan perikanan merupakan jurusan yang pertama kali dibentuk sejak berdirinya SMKN 1 Nunukan pada tahun 2003. Melihat potensi sumberdaya perikanan dan kelautan kabupaten Nunukan mendorong terbentuknya jurusan ini. 

Akuntansi merupakan salah satu kompetensi keahlian yang dimiliki SMK Negeri I Nunukan. Kompetensi keahlian ini termasuk dalam jurusan bisnis manajemen yang telah ada sejak berdirinya SMK Negeri I Nunukan tahun 2003. 

Agribisnis Tanaman Pangan dan Hortikultura (ATPH) adalah salah satu paket keahlian dari bidang Agribisnis Produksi Tanaman di SMK Negeri 1 Nunukan. Jurusan ATPH yang notabennya merupakan paket keahlian tertua sejak berdirinya SMKN 1 Nunukan pada tahun 2003.

Program studi Tata Busana sering juga disebut dengan nama Fashion Design, program studi ini di pelajari teknik mendesain, belajar membuat pola, menjahit, dan seluk beluk produksi busana atau fashion. Jurusan ini baru di buka tahun 2023 di SMK Negeri 1 Nunukan.

Kompetensi Keahlian Otomatisasi dan Tata Kelola Perkantoran adalah salah satu program keahlian yang ada di SMKN 1 Nunukan. Program ini pertama kali dibuka pada tahun 2010 dengan nama Administrasi Perkantoran.